Chương trình có mục tiêu ban đầu là cung cấp dịch vụ tiêm chủng miễn phí cho trẻ em dưới 1 tuổi, bảo vệ trẻ khỏi mắc 6 loại bệnh truyền nhiễm phổ biến và gây tử vong cao. Sau một thời gian thí điểm, Chương trình từng bước được mở rộng dần cả về địa bàn và đối tượng tiêm chủng. Từ năm 1985 tới nay toàn bộ trẻ em dưới 1 tuổi trên toàn quốc đã có cơ hội được tiếp cận với Chương trình TCMR. Đến năm 2010, đã có 11 vắc xin phòng bệnh truyền nhiễm phổ biến, nguy hiểm cho trẻ em được đưa vào Chương trình bao gồm vắc xin phòng bệnh lao, bạch hầu, ho gà, uốn ván, bại liệt, viêm gan B, sởi, viêm não Nhật Bản, tả, thương hàn, viêm phổi/viêm màng não mủ do Hib